學校發端于陳嘉庚先生1918年以來在廈門集美學村創辦的系列專門學校。1994年10月，經原**教育委員會批準，原交通部所屬的集美航海學院、原農業部所屬的廈門水產學院、福建省所屬的福建體育學院、集美財經高等專科學校和廈門市所屬的集美師范高等?？茖W校等五所高等學校合并組建為集美大學。學校于1999年1月實現實質性合并。2004年，廈門市工業學校成建制并入集美大學。2013年7月，國務院學位委員會發文正式批準集美大學為博士學位授予單位，船舶與海洋工程、水產等2個學科為博士學位授權一級學科。2018年，集美大學入選福建省“雙一流”建設高校。其中，該校入選高峰學科建設學科2個，高原學科建設學科4個。

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